軒轅劍外傳漢之云這次的劇情發生在三國時代初年，大漢丞相諸葛亮在數年的休息生養、累積國力之后，毅然決定利用魏帝曹丕新喪、洛陽人心不安之機，展開北伐復興大業。自紀元二二八年起，諸葛亮連年發動北伐攻勢，揮師祁山，襲逼關右。然而大魏的年輕皇帝曹叡御駕親征，調度井然，超乎所有人意料之外，因而魏師上下一心，將帥用命，漢軍前鋒攻勢先后為魏軍之宿將張郃、郝昭等人所遏阻，諸葛亮千里揮師，卻再三折兵損將，屢屢無功而退。

就在此時，漢軍中突然出現一支來歷不詳、身份神秘之奇兵部隊“飛羽”，他們從旁暗中協助漢軍作戰，雖然人數不多，但卻人人實力非凡，以一抵百，因而屢建奇功。包含丞相諸葛亮在內，漢師全軍上下無人知悉“飛羽”真實底細，只知他們并不隸屬任何正規部隊，也不受漢軍正式號令所節制，但正也因為如此，反能在正規調度之外靈活作戰，不斷以奇襲立功。

在“飛羽”掩護下，漢將陳式順利奪下敵國之武都郡，這是北伐多次以來，首次獲得寶貴大捷！諸葛亮決心在此基礎上，進一步發動第四次北伐，希望順勢略取隴右。紀元二三一年，他親率主力部隊進抵祁山，然而此時等在他們面前的對手，乃是剛移防至此地之新任大魏都督 司馬懿。諸葛亮未料與己第一次交手之司馬懿，竟一眼看穿他們在艱險蜀道上糧運之不易，因此故意采取堅壁戰術，意圖讓漢軍自己糧盡而退，再趁勢追擊！

為了遏止司馬懿的陰謀，“飛羽”決定再次出擊！然而此時此刻誰也沒有想到，此一為重重神秘面紗所包圍的“飛羽”奇兵部隊，在不久的未來，卻將左右整個大漢之命運……。