《黑暗王朝2》游戲是一款比較古老的即時戰略游戲，黑暗王朝2實際上是黑暗王朝的前篇，它發生在一代事件許多年之前。在黑暗王朝2中，帝國和自由衛士還沒有出現；游戲中的雙方是這兩個敵對集團的祖先。木星禁閉組織（Jovian Detention Authority）或者稱為JDA，是帝國的先驅和黑暗王朝2游戲世界的統治者。蔓延軍團是游戲中的游擊部隊和自由衛士的先驅。和它們的后代一樣，這兩個集團處在為一顆行星的猛烈斗爭中。

故事講述的是在遙遠的未來，地球由于核爆炸而變得滿目瘡痍。一群幸存者建造新的房屋，開始了全新的生活。人們在這里生活，可是總會有一些矛盾，隨著矛盾的結局，人們分了兩股相互對立的勢力，為了生存和其它利益，這兩股勢力爆發了新的戰爭。