《火影忍者RPG2：千鳥vs螺旋丸》游戲是一款角色扮演類游戲。本作作為一款普通的RPG游戲，也還有不少新要素加入。首先是忍術戰斗系統，這是一個強調陣型的戰斗系統，而調整陣型可以使用觸摸很輕松地即時實現。角色的配置，會對忍術攻防能力的高低產生重大的影響。三人組系統，可供選擇的角色也大幅度增加，所產生的組合數超過了1000種。口寄動物召喚系統，可以帶著口寄動物行走，他們擁有的能力對冒險歷程將產生巨大的幫助，例如帶著蛤蟆吉的話，就擁有能跳過高墻的異常跳躍力，在舊有的基礎上再次進化，滿足條件即可發動，對敵人造成巨大傷害。本作支持2人聯機游戲。